Moduł oferowany także w ramach programów studiów:
Informacje ogólne:
Nazwa:
R Software
Tok studiów:
2019/2020
Kod:
JMNB-1-033-s
Wydział:
Fizyki i Informatyki Stosowanej
Poziom studiów:
Studia I stopnia
Specjalność:
-
Kierunek:
Mikro- i nanotechnologie w biofizyce
Semestr:
0
Profil:
Ogólnoakademicki (A)
Język wykładowy:
Angielski
Forma studiów:
Stacjonarne
Strona www:
 
Prowadzący moduł:
dr inż. Gałkowski Michał (Michal.Galkowski@fis.agh.edu.pl)
Treści programowe zapewniające uzyskanie efektów uczenia się dla modułu zajęć

The course is meant as an introduction to R software. It will be divided into two parts: a) tutorial of the basic R functionality, b) development of the student’s own projects.

Opis efektów uczenia się dla modułu zajęć
Kod MEU Student, który zaliczył moduł zajęć zna i rozumie/potrafi/jest gotów do Powiązania z KEU Sposób weryfikacji i oceny efektów uczenia się osiągniętych przez studenta w ramach poszczególnych form zajęć i dla całego modułu zajęć
Wiedza: zna i rozumie
M_W001 Student gains knowledge on basic and intermediate-level topics related to the R language MNB1A_W03, MNB1A_W04 Sprawozdanie,
Projekt,
Wykonanie ćwiczeń laboratoryjnych,
Aktywność na zajęciach
Umiejętności: potrafi
M_U001 Student can write complete applications, using both own code and available third-party libraries. MNB1A_U04, MNB1A_U01, MNB1A_U10, MNB1A_U02 Sprawozdanie,
Projekt,
Wykonanie ćwiczeń laboratoryjnych
M_U002 Student can work as a part of a small team and can interact with his/her co-workers in appropriate and efficient manner. MNB1A_U01, MNB1A_U10, MNB1A_U02 Prezentacja,
Projekt
Kompetencje społeczne: jest gotów do
M_K001 Student can communicate the results of his work and discuss them. MNB1A_K04, MNB1A_K05, MNB1A_K01 Prezentacja
Liczba godzin zajęć w ramach poszczególnych form zajęć:
SUMA (godz.)
Wykład
Ćwicz. aud
Ćwicz. lab
Ćw. proj.
Konw.
Zaj. sem.
Zaj. prakt
Zaj. terenowe
Zaj. warsztatowe
Prace kontr. przejść.
Lektorat
45 0 0 30 15 0 0 0 0 0 0 0
Matryca kierunkowych efektów uczenia się w odniesieniu do form zajęć i sposobu zaliczenia, które pozwalają na ich uzyskanie
Kod MEU Student, który zaliczył moduł zajęć zna i rozumie/potrafi/jest gotów do Forma zajęć dydaktycznych
Wykład
Ćwicz. aud
Ćwicz. lab
Ćw. proj.
Konw.
Zaj. sem.
Zaj. prakt
Zaj. terenowe
Zaj. warsztatowe
Prace kontr. przejść.
Lektorat
Wiedza
M_W001 Student gains knowledge on basic and intermediate-level topics related to the R language - - + + - - - - - - -
Umiejętności
M_U001 Student can write complete applications, using both own code and available third-party libraries. - - + + - - - - - - -
M_U002 Student can work as a part of a small team and can interact with his/her co-workers in appropriate and efficient manner. - - - + - - - - - - -
Kompetencje społeczne
M_K001 Student can communicate the results of his work and discuss them. - - - + - - - - - - -
Nakład pracy studenta (bilans punktów ECTS)
Forma aktywności studenta Obciążenie studenta
Sumaryczne obciążenie pracą studenta 103 godz
Punkty ECTS za moduł 4 ECTS
Udział w zajęciach dydaktycznych/praktyka 45 godz
Przygotowanie do zajęć 14 godz
przygotowanie projektu, prezentacji, pracy pisemnej, sprawozdania 44 godz
Szczegółowe treści kształcenia w ramach poszczególnych form zajęć (szczegółowy program wykładów i pozostałych zajęć)
Ćwiczenia laboratoryjne (30h):
Laboratory classes

The goal of the course is to provide students with an introduction to R software. R is a free, open-source environment designed for statistical computing and graphics. Supported by a huge worldwide community of users, it can be expanded with third-party libraries to supply specialized tools in a multitude of fields, including science, economy, engineering and others. During the laboraroty classes, intensive tutorial of the basic R functionality will be given, with selected applications given as examples of usage.

Ćwiczenia projektowe (15h):
Project classes

The second part will be focused on developing the student’s own projects (in teams of two), which will be presented at the end of the course. This presentation will include both a written report as well as a short oral presentation.

Pozostałe informacje
Metody i techniki kształcenia:
  • Ćwiczenia laboratoryjne: W trakcie zajęć laboratoryjnych studenci samodzielnie rozwiązują zadany problem praktyczny, dobierając odpowiednie narzędzia. Prowadzący stymuluje grupę do refleksji nad problemem, tak by otrzymane wyniki miały wysoką wartość merytoryczną.
  • Ćwiczenia projektowe: Studenci wykonują zadany projekt samodzielnie, bez większej ingerencji prowadzącego. Ma to wykształcić poczucie odpowiedzialności za pracę w grupie oraz odpowiedzialności za podejmowane decyzje.
Warunki i sposób zaliczenia poszczególnych form zajęć, w tym zasady zaliczeń poprawkowych, a także warunki dopuszczenia do egzaminu:

The laboratory classes will not be graded; however, the “pass” mark will be given after fulfilling the appropriate criteria. These include: a) presentation of the working code from each classes to the supervisor; b) two or three written reports summarising the problems analysed during the classes.

Project grade will be assigned based on: a) final report (40%); b) oral presentation of the project’s results (30%); c) the code of the final report (with documentation, 30%). The project grade will be calculated as a weighted mean of these, with weights given above.

Final grade will be assigned based on project grade (90%) and activity during laboratory classes (10%). Passing the laboratory course is obligatory to receive a grade.

Zasady udziału w zajęciach:
  • Ćwiczenia laboratoryjne:
    – Obecność obowiązkowa: Tak
    – Zasady udziału w zajęciach: Studenci wykonują ćwiczenia laboratoryjne zgodnie z materiałami udostępnionymi przez prowadzącego. Student jest zobowiązany do przygotowania się w przedmiocie wykonywanego ćwiczenia, co może zostać zweryfikowane kolokwium w formie ustnej lub pisemnej. Zaliczenie zajęć odbywa się na podstawie zaprezentowania rozwiązania postawionego problemu. Zaliczenie modułu jest możliwe po zaliczeniu wszystkich zajęć laboratoryjnych.
  • Ćwiczenia projektowe:
    – Obecność obowiązkowa: Tak
    – Zasady udziału w zajęciach: Studenci wykonują prace praktyczne mające na celu uzyskanie kompetencji zakładanych przez syllabus. Ocenie podlega sposób wykonania projektu oraz efekt końcowy.
Sposób obliczania oceny końcowej:

The laboratory classes will not be graded; however, the “pass” mark will be given after fulfilling the appropriate criteria. These include: a) presentation of the working code from each classes to the supervisor; b) two or three written reports summarising the problems analysed during the classes.

Project grade will be assigned based on: a) final report (40%); b) oral presentation of the project’s results (30%); c) the code of the final report (with documentation, 30%). The project grade will be calculated as a weighted mean of these, with weights given above.

Final grade will be assigned based on project grade (90%) and activity during laboratory classes (10%). Passing the laboratory course is obligatory to receive a grade.

Sposób i tryb wyrównywania zaległości powstałych wskutek nieobecności studenta na zajęciach:

Absence in ONE laboratory class is allowed without documented cause. However, student must present the code from the skipped excercise.
Absence in more than ONE laboratory classes is not allowed without documented cause. If a documented cause is given, previously stated requirements need to be fulfilled AND the student might be required to pass a short written test from the materials covered in classes (decision will be made by class supervisor). The student who has left more than two laboratory classes without a documented cause will receive a “not passed” grade from the laboratory class, thus failing the course.

Wymagania wstępne i dodatkowe, z uwzględnieniem sekwencyjności modułów :
  • Previous knowledge of R is NOT required

Requirements:

  • Knowledge of linear algebra
  • Knowledge of basic statistics
  • Knowledge of procedural programming language is strongly recommended
Zalecana literatura i pomoce naukowe:

Web resources on R software page: https://www.r-project.org/
Manuals webpage: https://cran.r-project.org/manuals.html
A good introduction course is available as a part of the openair package manual: http://www.openair-project.org/PDF/OpenAir_Manual.pdf

Example of introductory course in Polish: https://cran.r-project.org/doc/contrib/Biecek-R-basics.pdf

Description of language:
R Core Team (2014). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. URL http://www.R-project.org/.

Publikacje naukowe osób prowadzących zajęcia związane z tematyką modułu:

Publications with data analysis performed in R:

  • 2016, Kazimierz Różański, Łukasz Chmura, Michał Gałkowski, Jarosław Nęcki, Mirosław Zimnoch, Jakub Bartyzel, Simon O’Doherty, Monitoring of greenhouse gases in the atmosphere – a polish perspective, PAPERS on GLOBAL CHANGE, 23, 111–126, 2016, DOI: 10.1515/igbp-2016-0009
  • 2016, J. M. Nęcki, M. Gałkowski, Ł. Chmura, C. Gerbig, M. Zimnoch, D. Zięba, J. Bartyzel, W. Wołkowicz, K. Różański. Regional Representativeness of CH4 and N2O Mixing Ratio Measurements at High-Altitude Mountain Station Kasprowy Wierch, Southern Poland. Aerosol and Air Quality Research, 16: 568–580, 2016, ISSN: 1680-8584 print / 2071-1409 online, doi: 10.4209/aaqr.2015.05.0357
  • 2015, Gałkowski Michał, Temporal and spatial variability of nitrous oxide in the atmosphere over Malopolska region: determination of loads and emissions. WFiIS AGH, Kraków, PhD thesis
  • 2013, M. Gałkowski, A „front-flush” mode implementation in the GC system with a µ-ECD detector in high-quality measurements of atmospheric N2O mixing ratios, Proceedings of the ISD Workshops, Faculty of Physics and Applied Computer Science, AGH University of Science and Technology, Krakow, 2013, ISBN: 978-83-925779-3-5, pp. 59-61
Informacje dodatkowe:

Absence in ONE laboratory class is allowed without documented cause. However, student must present the code from the skipped excercise.
Absence in more than ONE laboratory classes is not allowed without documented cause. If a documented cause is given, previously stated requirements need to be fulfilled AND the student might be required to pass a short written test from the materials covered in classes (decision will be made by class supervisor). The student who has left more than two laboratory classes without a documented cause will receive a “not passed” grade from the laboratory class, thus failing the course.